本發(fā)明公開了一種同位素原位標記土壤甲烷氧化菌的方法及裝置，步驟是：1)將硅膠管裝置分別埋入根際和非根際土壤中，土層高于硅膠管頂部；2)在培養(yǎng)盆中加入去離子水，保持淹水；3)淹水后，在培養(yǎng)盆內移栽水稻幼苗；4)水稻分蘗期開始標記13C？甲烷氣體；向每個硅膠管中注射甲烷氣體，然后每8個小時注射一次，共標記6天。硅膠塞與硅膠管相連，硅膠管與不銹鋼長針頭相連組成硅膠管裝置。培養(yǎng)盆與兩個尼龍網袋相連，其中一個尼龍網袋中與三根硅膠管裝置和植物相連，另一個尼龍網袋與一根硅膠管裝置相連。在土壤中原位標記甲烷氣體，硅膠管內甲烷氣體能緩慢的釋放到管外，到達土壤中，提高了對甲烷氧化菌的同位素標記效率。