中國科學(xué)院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所(The Institute of Subtropical Agriculture, The Chinese Academy of Sciences.)的前身是中國科學(xué)院桃源農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所,成立于1978年6月19日,所址選在湖南省桃源縣城關(guān)鎮(zhèn)漁父路,第一任所長為著名土壤學(xué)家李慶逵院士。1979年從湖南省桃源縣遷至湖南省會(huì)長沙,并更名為中國科學(xué)院長沙農(nóng)業(yè)現(xiàn)代化研究所,所部位于湖南省長沙市芙蓉區(qū)遠(yuǎn)大二路。2002年5月,研究所整體進(jìn)入中國科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新工程試點(diǎn)序列,其學(xué)科方向調(diào)整為亞熱帶復(fù)合農(nóng)業(yè)生態(tài)系統(tǒng)生態(tài)學(xué),2003年10月更名為中國科學(xué)院亞熱帶農(nóng)業(yè)生態(tài)研究所。